HemaSeq_v1 RNA panel: zie technische fiche
https://webshare.zenya.work/ox37bk4hts8h4f2c/Document.aspx?websharedocumentid=2094af5f-8608-4b02-b3ac-19181a125ca8
RNA fusietranscripten van 29 driver genen betrokken bij myeloïde aandoeningen (HemaSeq_v1
RNA panel) worden opgespoord. Daarnaast zijn er per
fusietranscript soms ook meerdere subtypes van het fusietranscript opgenomen in de design. Een
fusietranscript subtype is een fusie van een specifieke combinatie van exonen van de beide fusiegenen,
al dan niet soms met extra sequenties (bv. afkomstig van intronen). Het panel kan ook overexpressie van het WT1 en/of MECOM (EVI1) mRNA opsporen bij AML of MDS/AML
De design van dit panel is in staat volgende fusietranscripten betrokken bij volgende myeloïde
maligniteiten op te sporen:
* BCR::ABL1 fusietranscript positieve maligniteiten (CML, Phi+ ALL of Phi+ AML) (>99% van de
subtypes)
* AML of MDS/AML (MDS-IB2):
o PML::RARA (>95% van de subtypes)
o RUNX1::RUNX1T1 (>99% van de subtypes)
o CBFB::MYH11 (>98% van de subtypes)
o KMT2A fusies (>90% van de subtypes)
o DEK::NUP214 (>99% van de subtypes)
o MECOM fusies (minimaal, enkel PSDM2::MECOM, ETV6::MECOM en MECOM::RUNX1)
o KAT6A::CREBBP (5 subtypes)
o RBM15::MRTFA (MKL1) bij megakaryoblastaire AML (AMKL)
o Verschillende, heel, sporadisch voorkomende fusietranscripten (zie tabel 3)
* M/LN-eo met tyrosine kinase (TK) gen fusies
o PDGFRA fusies: PDGFRA::FIP1L1 en 8 andere fusiepartners
o PDGFRB fusies: PDGFRB::ETV6 en >30 andere fusiepartners
o FGFR1 fusies: FGFR1::ZMYM2 en > 15 andere fusiepartners
o JAK2 fusies: JAK2::PCM1 en 14 andere fusiepartners
o FLT3 fusies: enkel FLT3::ETV6
o ABL1::ETV6
Gezien de design ‘targeted’ is zullen fusietranscripten die niet opgenomen zijn in het panel alsook weinig
voorkomende fusietranscript subtypes gemist worden. Ikv AMKL wordt met dit panel enkel
RBM15::MRTFA (MKL1) (vroegere OTT-MAL) en KMT2A translocaties opgespoord. CBFA2T3 (ETO)::GLIS2
en NUP98::KDM5A translocaties, die volgens WHO2022 recurrent voorkomen bij AMKL, worden niet
opgespoord.
Naast het opsporen van fusietranscripten wordt ook het WT1 en MECOM mRNA expressieniveau bepaald
aan de hand van reads verkregen met primers op volgende exonen:
• WT1 ex7-ex8 (NM_024426.6)
• MECOM ex7-ex8 (NM_004991.4)
Dit panel is onvoldoende geschikt voor het opsporen van fusietranscripten bij lymfoide maligniteiten. Dit
panel kan slechts enkele translocaties aanwezig bij B-ALL opsporen (bv. ETV6::RUNX1, BCR::ABL1,
ZNF384:: TCF3) en is niet geoptimaliseerd om alle klinisch belangrijke B-ALL translocaties te detecteren,
nl. de meeste translocaties uit de WHO categorie “B-lymphoblastic leukaemia/lymphoma with other
defined genetic alterations” alsook de WHO categorie “Acute leukaemia of ambiguous lineage with
BCL11B rearrangement” worden gemist.