De bepaling van thiocyanaat in de urine heeft vooral zijn betekenis bij chronische blootstelling aan organische en anorganisch cyanide verbindingen.
Wanneer het cyanide in het bloed de dodelijke concentratie niet bereikt dan wordt het geleidelijk aan terug vrijgesteld uit zijn verbinding met het cytochroomoxydase en tot het niet toxische thiocyanaat omgezet door het rhodanese (transulfurase) in aanwezigheid van een zwaveldonor. Verder wordt ook een deel van het cyanide omgezet tot thiocyanaat door tussenkomst van het beta-mercaptopyruvaattranssulfurase. Cyanide wordt gevormd door het pyrolytisch proces bij het roken van tabak. Hierdoor hebben rokers een hogere basisexcretie van thiocyanaat in de urine.