De analyse wordt bij vrouwen bij voorkeur uitgevoerd op eSwab/eNAT. Bij mannen wordt de analyse uitgevoerd op eerst-geloosde urine (first void = eerste 10 tot max 20 ml; bij voorkeur ochtendurine). Patiënten mogen de laatste twee uur voor de collectie niet geürineerd hebben. De eerste 20 ml moeten opgevangen worden (gebruik hiervoor de "urinepot 100 mL (geel deksel)" waarop best een merkstreep aangebracht wordt voor het maximum niveau). Andere stalen zoals Douglasvocht zijn ook mogelijk (maar niet gevalideerd).

Extractie van het staal gebeurt op de STARlet (Hamilton). Amplificatie en detectie gebeurt dmv de Seegene Allplex STI-EA en Genital Ulcer assays op een CFX96 toestel (BioRad) dmv een kwalitatieve real-time PCR. Een positief resultaat duidt op de aanwezigheid van het geteste pathogeen. Wanneer de geteste parameter niet gedetecteerd wordt, betekent dit niet dat het pathogeen geen oorzaak kan zijn van infectie. Vals negatieve resultaten kunnen voorkomen bij een hoeveelheid pathogeen onder de detectielimiet van de test (zie verder), bij inhibitie van de PCR door interferende stoffen in het staal of bij primer mismatch. Voorzichtigheid is geboden bij het interpreteren van de resultaten. Resultaten moeten altijd geïnterpreteerd worden in combinatie met klinische, epidemiologische en/of bijkomende laboratorium informatie.

De detectielimieten voor de verschillende geanalyseerde parameters zijn:
- Chlamydia trachomatis : 40 IFU/ml
- Neisseria gonorrhoeae : 1 CFU/ml
- Mycoplasma genitalium : 50 CCU/ml
- Mycoplasma hominis : 50 CFU/ml
- Ureaplasma urealyticum : 100 CFU/ml
- Ureaplasma parvum : 50 CCU/ml
- Trichomonas vaginalis : 10 cells/ml
- Herpes simplex virus type 1 : 100 copies/rxn
- Herpes simplex virus type 2 : 100 copies/rxn
- Haemophilus ducreyi : 100 copies/rxn
- Cytomegalovirus : 100 copies/rxn
- Lymphogranuloma venereum (Chlamydia trachomatis Serovar L) : 100 copies/rxn
- Treponema pallidum : 100 copies/rxn
- Varicella-zoster virus : 100 copies/rxn