Nucleïnezuurextractie en PCR setup gebeuren op Seegene Starlet, waarna de PCR reactie wordt gelopen op een CFX96 thermocycler. Er worden 4 Seegene Allplex PCR kits gecombineerd: GI-Virus, GI-Bacteria(I), GI-Bacteria(II) en GI-Parasite. Volgende pathogenen/targets worden opgespoord:
Bacteriën:
- Aeromonas species
- Shigatoxine producerende E. coli (= VTEC, STEC, EHEC) (met mogelijkheid van bijkomende specifieke detectie van serotype O157:H7)
- Detectie van virulentiegenen bij enteropathogene E. coli: aggR-gen (typerend voor EAEC), aeaA-gen (typerend voor EPEC), LT/ST-gen (typerend voor ETEC)
- Campylobacter species (C. coli, C. jejuni)
- Toxicogene Clostridium difficile (met mogelijkheid van bijkomende specifieke detectie van ribotype 027)
- Shigella species/EIEC
- Salmonella enterica
- Yersinia enterocolitica
- Vibrio species
Virussen:
- Norovirus (afzonderlijke detectie van genogroep GI en GII)
- Rotavirus
- Adenovirus (specifieke detectie van enteropathogene serotypes 40 en 41)
- Astrovirus
- Sapovirus
Parasieten:
- Entaboema histolytica
- Cryptosporidium species
- Giardia lamblia
- Blastocystis hominis
- Cyclospora cayetanensis
- Dientamoeba fragilis
Voor alle bacteriële en parasitaire targets ligt de detectielimiet op 100 DNA kopijen per reactie.