Capilllaire elektroforese wordt in de routine enkel gebruikt voor de identificatie van eiwit abnormaliteiten, vooral van monoclonale frakties.
Deze ziektebeelden worden gekenmerkt door de aanwezigheid van paraproteinen in het serum die ontstaan door monoclonale proliferatie van B cellen. Daarbij kunnen zowel intacte als fragmenten van immunoglobuline moleculen geproduceerd worden. Voorbeelden daarvan zijn de ziekte van Waldenström (macroglobulinemie) en het Multipel Myeloom.