Met deze PCR techniek worden genherschikkingen opgespoord in de genen die coderen voor de immunoglobuline zware keten (IGH) en de Ig lichte kappa keten (IGK) receptor van de B-lymfocyten. Tijdens het uitrijpingsproces van B-cellen treedt op genomisch niveau een herschikking van het DNA op waarbij in iedere B-cel unieke stukjes DNA worden gevormd die zullen instaan voor de specifieke antilichaam productie van deze B-cel. Deze unieke stukjes DNA karakteriseren dus elke B-cel. Met behulp van deze PCR-techniek kan het onderscheid gemaakt worden tussen een 'normale' polyclonale B-cel populatie (gekenmerkt door de aanwezigheid van verschillende PCR-produkten) en een clonale B-cel populatie (gekenmerkt door de aanwezigheid van 1 specifiek PCR-produkt).
Op deze wijze kan clonaliteit aangetoond worden in 98 tot 100% van de clonale lymfocytenproliferaties aanwezig bij chronische lymfatische leukemie (CLL), mantelcel lymfoma (MCL), folliculair lymfoma (FL), diffuus grootcellig B-cel lymfoma (DLBCL) en marginale zone lymfoma (MZL).
De aanwezigheid van een clonale populatie met herschikte B-cel receptor genen (= IG genen) is sterk suggestief voor, maar niet synoniem aan de aanwezigheid van een maligne B-cel proces. Cross-lineage genherschikkingen en reactionele clonale populaties worden ook gezien (Report of the BIOMED-2 Concerted Action BHM4-CT98-3936 in Leukemia 2007, volume 21, issue 2 pag 201-237).
Resultaten dienen daarom steeds geïnterpreteerd te worden samen met klinische gegevens en pathologie en/of immunofenotypische resultaten.