Antifosfolipiden kunnen zonder betekenis gevonden worden bij gezonde mensen (primair APS), maar inmiddels is er een groot aantal onderliggende aandoeningen bekend waarbij antifosfolipiden circuleren: auto-immuunziekten (SLE, auto-immune trombocytic purpura en hemolytische anemie, RA, Sjögren syndroom), giant cell arteritis, dermatomyositis, m. Behçet, polyarteritis nodosa, maligniteiten waaronder lymfomen, hematologische ziekten (myelofibrosis, ziekte van von Willebrand, paraproteïnemie), infectieziekten (lues, lepra, tuberculose, mycoplasma, borreliose, HIV, endocarditis, hepatitis e.a. virusinfecties), neurologische aandoeningen (Sneddon syndroom, myasthenia gravis, multiple sclerose), en bij een aantal geneesmiddelen