Het identificeren van de gekweekte bacterie gebeurt aan de hand van een PCR reactie gevolgd door een sequentiebepaling.

Het bacterieel DNA wordt geïsoleerd uit reinculturen van de te identificeren bacterie. Door de primers te richten op de geconserveerde regios van het 16S rRNA gen, ontwikkelt men een PCR die het 16S rRNA gen van om het even welke bacterie kan amplificeren (universele PCR). De verschillen tussen verschillende soorten bacteriën zitten in de nucleotiden opeenvolging van de tussenzones. Na PCR-analyse worden DNA-fragmenten van ongeveer 900bp verkregen die vervolgens worden gesequenced. Door vergelijking van de bekomen sequentie met een publieke databank van 16S rRNA gensequenties, kan het genotype achterhaald worden.